Fernando Abelha é Diretor do Curso de Especialização em Fundamentos Científicos de Anestesiologia da Faculdade de Medicina da Universidade do Porto (FMUP), onde é Professor Catedrático Convidado e regente da Unidade Curricular de Anestesiologia e Medicina Intensiva do Mestrado Integrado em Medicina.
É Assistente Graduado Sénior e Diretor do Serviço de Anestesiologia do Centro Hospitalar Universitário São João (CHUSJ).
Tem-se dedicado à investigação clínica, particularmente nas áreas da qualidade de recuperação, resultados, qualidade de vida, delirium, disfunção cognitiva e complicações após cirurgia.